十三年四月，乾隆帝又命訥親督師前往增援。莎羅奔構築碉卡，嚴密為備。

張廣泗與訥親互不協力，莎羅奔乃大破清軍。

同年十二月﹐乾隆帝以貽誤軍機罪斬張廣泗，訥親亦賜死，改用傅恒為帥。

起用已廢黜還籍的名將嶽鐘琪率軍自黨壩大破金川軍。

因莎羅奔曾於康熙六十一年從嶽鐘琪用兵於川西北羊峒藏族地區，雍正元年，嶽鐘琪又奏請授予莎羅奔“金川安撫司”印信，所以莎羅奔聞嶽鐘琪軍攻入，遂在乾隆十四年正月降。

乾隆帝為籠絡人心，詔赦莎羅奔，事遂平。

乾隆三十六年，大金川土司索諾木與小金川土司僧格桑再次發動反清鬥爭。

乾隆帝命溫福、桂林分彆自汶川及打箭爐攻小金川。

索諾木派兵助僧格桑抗擊清軍。

三十七年五月，桂林兵敗被黜，乾隆帝以阿桂代桂林。

十二月，清軍攻占小金川美諾官寨，僧格桑奔大金川。

次年六月，小金川藏族反攻清軍，收複美諾，清軍死三千人，主帥溫福戰死。

時乾隆帝在熱河，聞報後，決定以阿桂為定西將軍，加派健銳營、火器營兵兩千、黑龍江及吉林兵兩千入川增援。

十月，複攻占美諾。

清軍第二次征伐金川以來，受到當地藏族人民的堅決反抗，深陷重圍，屢遭失敗。

乾隆帝惱羞成怒，命令阿桂等人在討平小金川後，立即以全力征伐大金川。

為抵抗清軍的進犯，大金川增壘設險，嚴陣以待，其防守遠較小金川為嚴密，堅持鬥爭長達兩年，終以眾寡不敵而失敗。

四十年七月，索諾木鴆殺僧格桑，獻屍請降，不準。

八月，清軍攻破大金川勒烏圍官寨。

次年正月，複攻破索諾木最後據守的堡寨噶爾崖，索諾木出降。

清軍第二次出兵大﹑小金川，曆時五年，耗費白銀七千萬兩，官兵死傷數以萬計。

事平後，清朝在大﹑小金川設立懋功﹑章穀﹑撫邊﹑綏靖﹑崇化等五屯，駐軍屯墾，以防再次發生反抗事件。

戰後，乾隆皇帝在嘉絨藏區實行的一係列積極的經營措施，對金川地區，乃至嘉絨藏族地區的政治、經濟、文化的發展起到了促進作用。

有利於嘉絨藏區的民族融合和發展，促進了這一地區的封建化進程。

大小金川之役的結束標誌著從明中期開始的“改土歸流”政策終於取得了最終的成功。

明清兩代耗費200年付出慘烈代價推行的“改土歸流”政策，使得中原王朝在南方的經營終於取得了成功，基本劃定了今日中國的南方邊界。5