送走了毛利一家，眾人開始進行兵力部署，警視廳,FBI一眾精英，以赤井秀一和茱蒂為首對那個神秘的組織（前文提過的傳說中的組織）展開調查，並極力進監控近期進入日本的神秘旅客。另一方麵，齊集在米花鎮2號街22號的名偵探們開始了對密碼信息的破解，但是他們手中的資料太過有限，根本不能有所突破。與大家困惑焦急的表情相對應的，是優作與盜一的忐忑不安，注意到這一點的柯南，終於下定了一探究竟的決心••••••

深夜，工藤宅：

—— “老爸，我進來了啊。”

——“真是的，大半夜的跑哪去了？”柯南望著空無一人的房間，突然有了一種想法，一種很強烈的感覺，那是•••···

柯南，或者說新一，從來沒有這樣害怕過，憑著他偵探敏銳的嗅覺，他知道一件他最不想發生的事還是發生了。沿走廊慢慢走向黑羽叔叔的房間（解釋一下：為方便商量，黑羽等人都住在附近，特彆是黑羽盜一，在優作的要求下住進工藤家。他們這群人隻有在有緊急事件發生彙聚到博士家）

——“嗬嗬，果然沒有人呐。”柯南自嘲般的笑笑，自己什麼時候這麼粗心了。即使是不想，也不代表一定不會發生••••••