但晉廷穩定後大量引用僑姓世族（原北方世族），壓抑江東世族。然而，由於僑姓世族持續侵犯江南經濟並打壓南方世族入仕朝廷，使得僑吳世族在政治及經濟上的衝突仍在。加上世族對寒族歧視、與朝廷分庭抗禮；中央與方鎮對立及野心家的崛起，使得東晉一朝未能統一中國。

晉元帝司馬睿原屬於東海王越一黨，鎮下邳。當時江東少受中原戰亂影響，晉元帝渡江後倚重王氏，信任王導、王敦，時稱“王與馬，共天下”。吳姓世族以義興周氏及吳興沈氏並為江東二豪，吳郡朱、張、顧、□□氏居次。

303年、305年及310年間江南發生三次叛亂，皆由義興周氏的周玘和顧榮、賀循、紀瞻、甘卓等平定，使江南得以穩定，史稱三定江南。

307年八王之亂後，司馬睿聽從王導建議遷鎮到建康。南遷後王導以“鎮之以靜，群情自安”政策穩定政權，他藉由當地名士顧榮、賀偱、紀瞻為引，進而獲得吳姓世族的擁護。而後大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王導號召下共同支持司馬睿，使得江南諸州次第歸附，晉懷帝蒙難司馬睿被天下推舉為盟主，不久被晉湣帝任命為丞相，在江東建立統治。

東晉統治階級主要由世族掌權，由於軍權外重內輕，不少方鎮心懷野心，造成如王敦之亂、蘇峻、祖約之亂及桓溫專政。此時雖然陸續有北伐以收複失土，因為內部矛盾而始終未能重建鞏固的全國統一政權。

383年前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。麵對亡國之禍，東晉君臣一心，這是成立以來最團結的一次。淝水決戰後前秦崩解，謝安、謝玄等人成功的收複大批失土。然而，後期又發生朋黨相爭及桓玄篡位。由於平民負擔沉重，又發生孫恩、盧循之亂。譙縱亦據蜀地自立。最後劉裕崛起，平定諸亂，並奪得皇位，進入了南北朝時期。

東晉初期，王導等人采取鎮之以靜策略以穩定局勢。東晉的莊園經濟的程度比西晉更重。由於農業技術提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發下，江南獲得全麵開發而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，使得後來有大運河的出現。此外，在手工業和商業方麵也有長足進步。

因為北方外患威脅仍在，東晉朝廷賴世族及方鎮的支持以穩定局勢，這使得不少士族掌握強大的武裝形成割據。王敦素來桀傲，有意控製朝廷，晉元帝為了抑製王氏權勢，以劉隗、刁協、戴淵等人牽製，並防禦王敦，削弱其兵權。

王敦利用祖逖去世、京城防禦不足，於322年發兵，攻陷建康。刁協等人被殺，史稱王敦之亂。晉元帝憂憤而死，太子紹繼位，是為晉明帝。當時王敦欲專權，移鎮姑孰（今安徽當塗縣），但於324年病危。晉明帝下令討伐，平亂成功，由於王導未附逆，所以王氏仍受晉室重用。

325年晉明帝去世，太子衍繼立，是為晉成帝。由王導及外戚庾亮輔政。

當時軍事重鎮分由陶侃鎮守荊襄地區及由蘇峻及祖約等鎮守淮南地區。陶侃懷疑因為庾亮的乾預，使得未能輔政而感到不滿。庾亮為了提防陶侃，任溫嶠鎮守武昌 。

由於蘇峻及祖約對庾亮鞏固中央的政策感到不滿，於327年反叛。次年蘇祖聯軍攻陷京師，脅持晉成帝，庾亮逃至尋陽（今江西九江市），史稱蘇峻之亂。此時陶侃觀望，經溫嶠力勸之下決定討伐蘇峻。蘇峻迎戰陣亡，329年陶溫聯軍收複京師，平亂成功。事後庾亮請罪，外調鎮蕪湖，朝廷由王導執政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遙控朝廷，與王導交惡。339年後王導與庾亮先後去世，由庾翼執政，掌握荊州軍權。

在東晉成立後，南遷的晉人莫不希望發動北伐，收複在北方淪陷的家園。但由於世族已安居江南，南方豐富的資產使得重返北方的意願不高。但是東晉建立後，依然進行了多次的北伐。

東晉初期，朝廷采取以攻為守態度抵禦北方。

317年祖逖意圖北伐，晉元帝給予充分支持，不僅從庫存數千匹布帛中取出三千匹支援，晉元帝命祖逖相機收複中原。他招募流民建立軍隊北上，晉元帝還先後派自己的次子和司馬颺出兵配合祖逖，並與當地塢堡合作，最後成功收複黃河以南領土，與石勒隔河相持。

但由於東晉發生內亂，朝廷於321年派戴淵為征西將軍，都督各軍守壽陽，鎮西將軍祖逖不願隸屬其下，修武牢沿黃河防禦，又得知朝廷內部王敦和劉隗矛盾重重，憂憤而死。王敦因為祖逖去世而不必顧慮遂叛變。

祖逖軍由其弟祖約率之，最後也隨蘇峻叛變。由於晉朝內部矛盾，失地得而複失。晉成帝時則由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他們以荊州為中心，意圖發動北伐。但是因被抵製，所以沒有實現統一。庾氏兄弟相繼去世後，朝廷先後由褚裒、殷浩、謝尚、桓溫、司馬勳等多次北伐。

346年晉穆帝時，桓溫、周撫、司馬無忌、毛穆之、袁喬等討伐成漢，次年討滅。

349年石虎死，晉廷派褚裒北伐，失敗。桓溫多次破壞北伐，在褚裒北伐失敗後引軍東下武昌與殷浩爭權。晉廷不許，改以殷浩、司馬勳、謝尚負責北伐。352年殷浩聯合羌將姚襄北伐前秦，被苻健擊敗。次年殷浩再度北伐，為姚襄所襲，殷浩被桓溫彈劾罷免。

354年桓溫伐前秦，但由於苻健采堅壁清野戰術[，桓溫又態度消極不進，最後晉軍缺糧而撤退。

356年，桓溫討伐河南姚襄，擊潰之並攻占洛陽，修謁皇陵。358年桓溫不顧朝廷要求其駐守經營洛陽，僅留毛穆之三千人守洛陽，自行南撤。等到晉哀帝及晉廢帝（即司馬奕）相繼為帝之後，桓溫已經控製兵權。

當時北方呈現前秦、前燕代涼割據的局勢，洛陽為前燕占領。桓溫為了準備專權，於369年討伐前燕 。

當時燕軍大敗，晉軍進駐枋頭（今河南浚縣附近）與燕將慕容垂對峙。最後晉軍缺糧而退，慕容垂率軍追殺，晉軍大敗。

371年桓溫廢晉帝司馬奕為東海王，改立司馬昱為簡文帝。

隔年簡文帝去世，晉孝武帝繼位，373年桓溫要求“九錫”，大臣謝安、王坦之拖延該事，不久桓溫病死 ，東晉暫時中止了北伐。

淝水之戰前夕，前秦東晉對峙圖晉孝武帝時，謝安執政，桓衝為荊州刺史，防禦荊襄地區；謝玄鎮廣陵，與謝安防禦淮南地區。為了加強中央軍力，晉孝武帝令謝玄招募淮南江北百姓，成立北府軍 。

370年前秦滅掉前燕後，前秦帝苻堅即有意滅東晉以統一天下。

373年攻下東晉梁益二州。378年派苻丕圍攻襄陽，朱序堅守，於隔年攻破，俘虜了朱序；又派彭超圍攻彭城，卻被謝玄率北府兵擊敗。

382年呂光平定西域後，苻堅的目標指向東晉。次年5月桓衝率10萬軍，意圖奪回襄陽，苻堅派苻睿、慕容垂等人防禦 。

8月苻堅認為時機已到，率舉國之師南征東晉，兵分三路，聲勢浩大 。他親率步兵60萬抵達項城，派苻融為先鋒率27萬兵攻打壽陽，梁成等人屯洛澗以控製淮河。晉廷震驚，謝安力持鎮定，命謝石為前線大都督、謝玄為先鋒，與謝琰、桓伊等人率8萬北府兵北上救援。

383年10月秦軍前鋒攻陷壽陽後，苻堅趕往指揮，並派朱序向謝石諸降勸降。但朱序儘泄秦軍虛實，並建議速戰速決。11月謝玄派劉牢之率五千精兵攻破洛澗，晉軍西行，與秦軍對峙淝水。

12月有人向苻堅建議後退決戰。諸秦將認為阻敵淝水畔比較安全，但苻堅認為半渡而擊可主動對決。當秦軍後移時，晉軍渡水突擊，朱序於後軍大喊秦軍已敗。此時秦軍大亂，謝玄等人乘勝追擊，秦軍全麵崩潰，苻融戰死，苻堅中箭，孤身北返，後由慕容垂護送。此役晉軍全麵勝利，於東晉曆史上意義非凡，史稱“淝水之戰”。

戰後，謝安都督諸州軍事，準備北伐支離破碎的前秦。384年謝安命謝玄、桓石虔率軍北伐，謝玄等人自廣陵北上，攻克鄄城、廣固等地，並修建青州派（水利工程）以運送糧草。此役收複山東、河南一帶，將領土劃至黃河以南。荊州軍也成功收複四川、襄陽一帶。謝玄繼續北上，前鋒劉牢之一度打到鄴城。但專政朝廷的司馬道子（孝武帝的弟弟）忌諱謝氏功高，朝議“以征役既久，宜置戍而還”，令謝玄回鎮淮陰，最後北伐功敗垂成。

司馬道子為晉孝武帝之弟，甚受信任。淝水之戰後謝安謝玄被司馬道子排擠，最後相繼去世，朝廷逐漸混亂，北府軍後由王恭等人統率。桓衝去世後，桓家後來由桓玄領導。390年晉孝武帝對司馬道子不滿，遂內以王珣、王雅入廷，外以王恭任兗州刺史、殷仲堪任荊州刺史；司馬道子也引王國寶及王緒抗衡，朋黨亂起。

396年晉孝武帝被妃子張氏殺害，太子繼立，為晉安帝。398年王恭和庾楷上表彈劾王國寶並領兵討伐，殷仲堪遙援，吳姓世族也發民支持。司馬道子畏懼，隻好殺王國寶、王緒求和。之後司馬道子聽從司馬尚之建議，任王愉江州刺史為外援。

次年王恭聯合荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄再度舉兵。司馬道子命其子司馬元顯為都督同王愉率軍抵禦。王愉被擊敗，聯軍攻至京師。司馬元顯收買劉牢之倒戈，王恭敗死。殷仲堪與桓玄得知後退至尋陽，由桓玄任盟主，最後雙方言和。朝廷為分化殷仲堪勢力，任桓玄為江州刺史、殷仲堪為荊州刺史、其部下楊佺期為雍州刺史。399年桓玄殺殷楊二人，並其轄地。

司馬元顯擔憂北府軍不可靠，征江東豪族佃民以建立新軍，稱為“樂屬”。這卻使“東土囂然”，引發民變，399年孫恩率眾攻陷會稽，史稱孫恩之亂。孫恩世奉五鬥米道，五鬥米道大受世族及平民信仰。400年孫恩擴張勢力，江東豪族及五鬥米道紛紛響應，江東八郡完全淪陷。

401年孫恩偱海路直襲丹徒，京師震撼。劉牢之派劉裕至海鹽擊敗孫恩，孫恩乘船而退，又被劉裕擊敗。402年3月孫恩為臨海太守辛景所敗，投海而亡。餘眾由其妹夫盧循領導。

402年司馬元顯為免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之為先鋒，司馬尚之為後部。桓玄也率軍東下，大破司馬尚之，劉牢之認為司馬元顯無用而倒戈，引桓軍入建康。桓玄控製朝廷，誅殺異己，先後殺司馬元顯與道子，奪取劉牢之兵權，誅戮部分北府將領，提拔北府將領劉裕。

桓玄最初有意革新朝廷，但最後豪奢縱欲，政令無常，漸失人心。

403年桓玄篡位稱帝，建國桓楚。

司馬遵與毛璩等起兵擁晉後，劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收複建康，桓玄挾晉安帝西撤江陵。而後桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗。最後桓玄逃往蜀地，途中被馮遷所殺。桓振、桓謙又挾晉安帝反抗，直到405年肅清桓氏勢力，何無忌得以迎晉安帝複位，也掌控了朝廷。

劉裕掌控朝廷，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵 。

412年劉裕搶先討伐之，劉毅兵敗自殺。譙蜀為東晉叛將譙縱所建。在405年時，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，便推譙縱為主叛晉。隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱也自號成都王。408年晉廷派劉敬宜率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻占成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。

盧循為孫恩妹夫，桓玄為安撫之任為永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻占廣州，隔年晉廷為安撫而命他為廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，合潰劉毅於桑洛州（今江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧偱之亂 。

此時劉裕已趕回，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，為守將劉道規所敗。12月盧循敗於晉軍，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定。

劉裕消滅若乾異己後，先後發動兩次北伐。當時南燕慕容超屢屢入侵，409年劉裕率軍伐南燕。於次年攻破南燕都城廣固，擒殺慕容超，南燕亡。而後因盧循叛亂，劉裕回師。後秦因為屢遭夏主赫連勃勃入侵，國勢大衰，皇帝姚興病死，其子姚泓初立。416年12月劉裕再度北伐，連克許昌、洛陽。

隔年劉裕兵分兩路圍攻關中，最後攻破長安，後秦亡。

但於該年冬天，留守京師的謀士劉穆之突然去世，為免朝廷生變，劉裕不得不親返。他命10歲的幼子劉義真同王鎮惡、沈田子等諸將防守長安，後來諸將內哄，夏主赫連勃勃率軍攻擊。

417年冬劉裕命劉義真等率軍東歸，遭夏軍追擊，元氣大傷，至此北伐結束。關中失守後，劉裕開始積極謀取帝位。同年劉裕殺晉安帝，立其弟德文，為晉恭帝。

420年劉裕廢晉恭帝自立，建國宋，史稱南朝宋，是為宋武帝，東晉至此滅亡。