皇帝受獲聲譽深重的主流士族擁護，然而士族隻想保有本身政治地位，並非全然支持皇室，皇帝也扶持寒門擔任軍職或次要官職以平衡政治勢力。由於皇室內部也因為爭奪皇位的鬥爭，時常發生宗室血腥事件。

由於戰略運用錯誤與北朝的興起，使得南弱北強，疆域漸漸南移。

到南朝梁時為梁武帝改善，和北魏六鎮之亂，使南朝國力逐漸追上北朝。但在他晚年時，崇信佛教，國家承平日久，民眾不習戰事，侯景發動侯景之亂後，梁武帝死在台城，部分蕭氏皇族為爭奪皇位而各自為戰，使南朝實力大減並四分五裂，最後到南朝陳的陳文帝 完全統一南朝，但南朝國力已衰，隻能依長江抵禦北朝。

北朝承繼五胡十六國。北魏皇室多為鮮卑族。而鮮卑皇室也逐漸受到漢文化的熏陶，其中以北魏孝文帝的漢化運動最盛。由於北部的柔然牽製北魏 ，使得北魏難以用全力攻入南朝，直到較親北魏的突厥取代柔然後才較安定。北魏後期政治逐漸敗壞，六鎮民變後國力大衰。

北朝分裂成東魏及西魏，並分彆由北齊及北周取代。

北齊的核心主要為六鎮流民及關東世族，其軍力比較強盛。由於其源頭六鎮流民偏向鮮卑化以及統治者為鮮卑化漢人的原因，使得北齊主要提倡鮮卑文化。北周在立國時鮮卑軍不如北齊多，政治地位也不如北齊及南朝梁，所以建立關中本位政策，融合鮮卑及漢人儘量消除胡漢隔閡。

最後北周形成團結的貴族關隴集團，得以攻滅因政治混亂而衰退的北齊，而漢族也逐漸成為北周軍隊的主力，逐漸占據統治地位及主體，取代鮮卑貴族，也為後來的楊堅建隋打好了基礎。北周武帝去世後，劉昉、鄭譯矯詔以楊堅總知中外兵馬事，入朝輔政。

大定元年（581年）二月，北周靜帝禪讓帝位於楊堅，即隋文帝 ，建立隋朝。

隋文帝於開皇九年下詔滅陳，自西晉末南北分裂300餘年的中國再度統一，南北朝正式退出曆史舞台。