鹹豐十年（1860年），英法兩國再次組成侵華聯軍，大舉入侵。英法聯軍進攻北塘，鹹豐帝在清軍與英法聯軍激戰之時，竟令清軍統帥離營撤退，大沽再次淪陷。

英法聯軍攻占天津，隨即向北京進犯。鹹豐帝派遣怡親王載垣、兵部尚書穆蔭為欽差大臣，往通州與英、法議和。英法聯軍以和談為掩護，繼續組織對北京的進攻，在通州八裡橋擊敗清軍後，進攻北京，圓明園、清漪園等處被焚掠。

鹹豐帝自圓明園倉皇逃亡熱河（今承德市），命恭親王奕訢留京議和。奕訢代表清政府與英、法、俄簽訂了《中英北京條約》《中法北京條約》《中俄北京條約》，並批準了中英、中法《天津條約》。

俄國趁火打劫，從19世紀50年代到80年代，侵吞中國北方一百五十多萬平方公裡領土。根據一係列不平等條約，中國喪失了大量的領土、主權和財富，半殖民地半封建社會程度大大加深。

1861年，鹹豐帝在熱河病逝，六歲的幼子載淳繼位，即同治帝。

鹹豐帝本任命肅順等八大臣讚襄政務，兩宮太後與恭親王奕發動辛酉政變，兩宮垂簾聽政，最後由兩宮之一的慈禧太後獲得實權。

清王朝，和曾國藩，李鴻章，左宗棠，張之洞等部分漢臣在消滅太平軍時認識到西方的船堅炮利，並且鑒於兩次鴉片戰爭的失敗，以“師夷長技以製夷”、中體西用為方針展開自強運動（又稱洋務運動）

19世紀60年代初期，洋務派在“自強”的旗號下，通過引進西方的機器設備和技術開始創辦軍事工業。洋務派創辦的軍事工業，主要有：曾國藩創建的安慶內軍械所，是洋務派開辦的第一個兵工廠。

李鴻章在上海創辦江南製造總局，生產槍炮炸藥和輪船。左宗棠在福州馬尾創辦福州船政局，生產輪船，分撥海軍和各省巡防緝私之用。洋務派先後共辦了二十幾個軍事工廠，其中規模最大的。

1890年張之洞在漢陽創辦的湖北槍炮廠。

洋務派興辦的軍事工業所有權和生產管理權完全從屬於封建政府，因此具有濃厚的封建性；但軍事工業普遍采用雇傭勞動製度，因此也具有資本主義性。

70年代以後，洋務派在“求富”旗號下，在繼續興辦軍事工業的同時，創辦了一些和民用有關的工業。洋務派辦民用工業，主要是采取“官督商辦”形式，即招商投資入股，官方派人經營管理。此外還有“官辦”和“官商合辦”的工業。其中比較重要的有李鴻章籌辦的輪船招商局、上海機器織布局、開平礦務局，以及張之洞興辦的漢陽鐵廠。

80年代開平礦務局還修建鐵路運煤，開創了中國鐵路運輸事業。民用工業資金主要來自社會的投入，工廠采用雇傭勞動製，生產目的是追求利潤，所以其性質是資本主義的；但由於封建官僚管理企業，他們把官場腐敗的作風也帶到企業中來，因此企業又具有一定的封建性。

洋務運動使得中國社會出現較安定的局麵。其間太平天國於1864年滅亡。

1865年，僧格林沁的滿蒙騎兵（八旗兵）中撚軍埋伏後全殲，賴洋務派左宗棠與李鴻章分彆滅西、東撚，撚亂到1868年結束。1862年到1878年間，左宗棠先後平定陝甘回變，平定新疆回亂，並收回伊犁。

洋務運動使得清朝的國力有了一定程度的恢複和增強，到慈禧太後與恭親王聯合執政的同治年間，清朝一度出現了較安定的局麵，史稱“同治中興”。

其間清朝在西方人的幫助下成功消滅內地的民變並收複新疆，在國際上的地位和形象因此有相當大的改善。至19世紀80年代，清朝軍隊的裝備和洋務運動之前相比已有了明顯的提高。

同治十三年（1874年），同治帝死於養心殿東暖閣，年僅19歲。

醇親王之子年僅四歲的載湉被選定繼承皇位，第二年改年號為“光緒”。兩宮皇太後再次垂簾聽政。

光緒七年（1881年），慈安太後暴死。慈禧獨攬大權。中法戰爭爆發後，慈禧以越事失機之由開去恭親王奕訢一切差使，同時罷黜五軍機大臣，安排自己的親信進入軍機處及內閣。從此，清朝廷成了慈禧太後的獨家天下。

同治以後，世界各主要資本主義國家先後向帝國主義階段過渡。列強都把侵略的黑手伸進中國廣大邊疆地區，使中國邊疆地區出現了嚴重危機。美國早有侵占中國台灣的野心。

鹹豐三年（1853），美國海軍艦隊竄到台灣，高山族人民給予迎頭痛擊，打走了美國侵略軍。

日本在同治十三年（1874年），派陸軍中將西鄉從道侵略台灣。清廷派船政大臣沈葆楨率軍赴台，部署防務。與日本訂立《台事專條》，以賠償白銀50萬兩作為日本撤兵的條件。英國在同治年間不斷派人進入中國雲南、西藏偵察。

光緒二年（1876年），清廷在英國的脅迫下，派李鴻章與英國代表威妥瑪在山東煙台簽訂《煙台條約》和《入藏探路專條》。

光緒十六年（1890年），清廷與英國談判，劃定中國和哲孟雄（錫金）的邊界。光緒十九年（1893年），清廷與英國又訂立《藏印續約》，從此，英國勢力侵入了西藏。

西北方麵，同治四年（1865年），中亞浩罕汗國阿古柏乘中國新疆地區紛亂之機，率軍侵入喀什噶爾。麵對同時發生在西北和東南的兩個危機，清廷發生“海防與塞防之爭”。

李鴻章強調海防的重要性，認為應大力加強海防，但他卻以“海防、西征，力難兼顧”為由，主張放棄新疆。陝甘總督左宗棠則力主收複新疆，清廷接受了收複新疆的主張，於光緒元年（1875年）任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。次年，清軍進入新疆，收複了北疆大部分領土。光緒四年（1878年）1月，清軍最後收複和田。至此，隻有伊犁地區還在沙俄侵略者手中。

1883年，清朝和法國為越南（安南）主權爆發中法戰爭。從1884年1月到4月，法國先後派全副武裝的軍艦8艦次，闖到閩、台海岸，在福州、廈門和基隆港口遊弋示威。

1885年，麵對嚴峻形勢，曾任廣西提督的老將馮子材奉命以幫辦廣西軍務的名義奔赴鎮南關，鎮南關之戰取得勝利，法軍倉皇逃走。隨後，馮子材乘勝追擊，法軍占領的諒山等地被陸續奪回，法軍被殲滅的有千餘人。失敗的消息傳回法國，引起資產階級統治集團內部的紛爭，挑起對中國侵略戰爭的茹費裡內閣因此倒台。

清政府決定“乘勝即收”，《中法會訂越南條約》（《中法新約》）在天津正式簽訂，中國承認法國對越南的保護權，開放蒙自、龍州兩地與法國通商，法軍撤出基隆、澎湖，並撤銷對中國海麵的封鎖。在中國軍民的英勇抵抗下，法國侵占台灣的戰爭以失敗告終。清朝失去藩屬國越南，越南成為法國殖民地，台灣也宣布建省。

光緒十一年（1885年），清廷任命劉銘傳為首任台灣省巡撫。在台灣任職期間，劉銘傳修建鐵路，開煤礦，創辦電訊，改革郵政，發展航運事業，促進台灣貿易，發展教育事業，促進了台灣近代工商業的發展，台灣防務也日益鞏固。戰後，清朝設立了海軍衙門。

1885年，英國入侵緬甸，清朝駐英公使曾紀澤向英國抗議無效，隔年被迫簽訂《中英緬甸條約》，承認緬甸為英國所有。

此時，日本在明治維新後國力大增，1872年，日本強迫清朝藩國琉球改屬日本，清朝拒不承認，中日交惡。

1894年7月25日，日艦襲擊中國船艦，甲午戰爭爆發。1894年8月1日，中日兩國宣戰，甲午戰爭全麵爆發。甲午戰爭曆時9個月，分為陸戰和海戰兩個戰場，日軍攻下朝鮮的平壤，在黃海海戰中大敗北洋水師，之後又攻下中國的旅順、威海。1895年1月20日，日軍在榮成龍須島登陸，占榮成。隨即分南北兩路向威海南幫炮台進行抄襲。30日，南幫炮台陷落。2月1日，日軍占領威海衛城。此後，日軍水陸配合，攻擊劉公島和港內北洋艦隊。北洋艦隊提督丁汝昌等先後自殺殉國。17日，威海衛海軍基地陷落，北洋艦隊覆滅。最後以清軍落敗而告終。

清政府於1895年與日本簽定《馬關條約》，割讓台灣和澎湖列島及其附屬島嶼，失去藩屬國朝鮮。洋務派李鴻章建立的北洋艦隊全軍覆沒，也宣告自強運動最終失敗。

《馬關條約》的簽訂，中國再次遭受割地、賠款，以及大量主權進—步喪失的厄運。甲午戰爭的慘敗更加速了中國社會半殖民地化的進程。亡國滅種的危急形勢迫使一些先進的中國人開始尋找新的救國救民道路。光緒帝痛定思痛，他極力支持維新派變法以圖強。

1898年，光緒帝與梁啟超、康有為等資產階級改良派領導發動政治改革運動——戊戌變法。頒布《明定國是》詔宣布變法。

新政在政治方麵：開放言路，允許報紙“指陳利弊”，“中外時事，均許據實昌言，不必意存忌諱”；又下詔，凡院、部司員欲條陳意見，可以上書，通過本衙門的“堂官”代傳，普通百姓可以到都察院呈遞；精減機構，撤銷詹事府、通政司（主管內外章奏）等六個衙門，各省也要做相應精減；任用新人，維新派楊銳、劉光第、譚嗣同都被光緒任命為“軍機衙門章京上行走”，參與新政；仿效康熙、乾隆時的舊製，在紫禁城內開“懋勤殿”，使之實際上成為皇帝與維新派討論製度改革的機構（未能實行）。

在軍事方麵：改用西洋軍事訓練；遣散老弱殘兵，削減軍餉須支，實行團練，裁減綠營，舉辦民兵；頒發興造槍炮特賞章程；籌設武備大學堂；武科停試弓箭騎劍，改試槍炮。

經濟方麵：設農工商總局；開墾荒地，提倡私人辦企業，獎勵發明創造；設鐵路、礦務總局，築路采礦；全國設郵政局通郵；改革財政，編製國家預算。文教方麵：改革科舉製，設立新式學堂、譯書局、報館等。

但是戊戌變法遭到慈禧太後為首的後黨的痛恨和反對，他們準備乘慈禧太後與光緒皇帝到天津閱兵時舉行政變，以廢黜光緒帝。

帝黨得知後，企圖拉攏新建陸軍首領袁世凱救護光緒帝，結果卻被袁世凱出賣。

八月初六日，慈禧太後幽禁光緒帝於瀛台，隨即殺害策劃維新變法的“六君子”譚嗣同、林旭、楊銳、楊深秀、劉光第、康廣仁，通緝康有為和梁啟超，罷免維新官員，戊戌變法徹底失敗。變法前後隻持續了103天，因此又稱為“百日維新” 。

1896年，清廷為聯俄製日，簽訂《中俄密約》。列強在中日戰爭中國戰敗後，掀起瓜分中國狂潮。此時在華北冀魯地區爆發以“扶清滅洋”為口號的義和團運動。

慈禧太後欲借此排外，暗中默許義和團，向十一國宣戰。為保華中華南，東南各行省總督巡撫，不服從清廷對外宣戰的敕命，發起東南自保，義和團事件引發西方列強的報複。

1900年，八國聯軍入侵北京。6月下旬清廷對八國聯軍宣戰後，清軍一再潰敗。北京被聯軍占領，劫殺擄掠。慈禧太後率光緒皇帝逃往西安，慈禧認為此禍乃義和團引起，遂頒布剿滅義和團的命令。最終義和團運動在清軍與八國聯軍的聯合剿殺下失敗。

1901年，清朝同十一國簽訂了《辛醜條約》。1904年，日俄兩國在東北的利益衝突爆發日俄戰爭，進一步加深中國的半殖民地化。

孫文於1894年在夏威夷檀香山建立興中會 ；1904年，黃興於長沙成立的華興會；同年，蔡元培於上海成立光複會。

1905年，孫文在日本聯合興中會、華興會、光複會，成立中國同盟會，並提出“驅除韃虜、恢複中華、創立民國、平均地權”的綱領。革命派聯合舊有反清勢力如三合會、洪門等，在華南地區發起了十次起事，並將勢力滲入華中、華南的清朝新軍 。

當時立憲派與革命派為改革方式發生爭執，一開始立憲派占上風，清廷也承諾實行立憲。

1907年，清廷籌設資政院，預備立憲，並籌備在各省開辦谘議局。1908年7月，頒布《各省谘議局章程及議員選舉章程》，命令各省在一年之內成立谘議局。同年頒布《欽定憲法大綱》，以確立君主立憲製政體，成立代議會。在立憲派成員的請願下，清廷宣布預定在1913年召開國會。1908年11月，光緒帝與慈禧太後相繼去世，溥儀繼位，即宣統帝，其父載灃擔任監國攝政王。

1911年5月，清廷組成由慶親王奕劻領導的“責任內閣”，這是中國曆史上首次君主立憲。不過，該內閣中的很多成員為皇族身份，故被稱為“皇族內閣”，引發立憲派的不滿和失望，很多轉向於革命派合作。

同年5月，四川等地爆發保路運動，清廷急派新軍入川鎮壓。

10月，革命派於湖北發起武昌起義，南方各省隨後紛紛宣布獨立。清廷任命北洋新軍統帥袁世凱為內閣總理大臣，成立內閣並統領清兵。袁世凱一方麵於陽夏戰爭中向革命軍施壓，另一方麵卻暗中與革命黨人談判，形成南北議和的形勢。

1912年1月1日，中華民國於南京宣布成立，孫中山在南京就任中華民國臨時大總統。

2月12日，袁世凱迫使宣統帝溥儀頒布退位詔書，將權力交給袁世凱政府，清朝滅亡。

朝滅亡後，根據《清室優待條件》，清室成員得以繼續住在紫禁城中，宮廷內尊號、待遇、年號保持不變，保留太監、侍衛、宮女，保留內務府、宗人府、慎刑司等機構，依然稱孤道寡，封官賜諡，保持帝王氣派，與民國政府分庭抗禮，儼然國中之國，史稱“遜清小朝廷”。

1917年6月，盤踞徐州的清朝將領張勳利用黎元洪與段祺瑞的矛盾，率5000“辮子兵”，借“調停”為名於6月14日進北京。急電各地清朝遺老進京，“襄讚複辟大業”，擁戴已退位的清末代皇帝溥儀複辟，史稱丁巳複辟，但隻持續12天而終。

1924年11月5日，溥儀被馮玉祥驅逐出紫禁城，但依舊被部分清朝遺老舊臣尊為皇帝，在北平什刹海、天津張園、靜園等居住地內依然繼續維持著的一個微型小朝廷，史稱“後遜清小朝廷”。