九月十六日，皇帝回到京城。命在皇帝養馬的上駟院旁設氈帷，給太子居住。又命皇四子秦真與皇長子秦武共同看守。當天，皇帝帝召集諸王、王爺等副都統以上大臣、九卿、詹事、科道官員等於午門內，宣諭拘執皇太子之事。皇帝親撰告祭文，於十八日告祭天地、太廟、社稷，將廢皇太子，幽禁鹹安宮。二十四日，頒詔天下。
時序已入深秋，北方已然草木凋零，江南山水卻還沒有卸去彩裝，表麵上生活如常。但茶樓酒肆裡，漸有流言令人驚駭，從貼耳細語，到叩案嘁喳。
很快，這動向就被皇帝的耳目獲悉。
皇帝在江南最大的耳目，就是江寧織造曲乃實。他51歲，給皇帝當差之餘，他還弄文學、玩藏書，當時他校刊了自己喜愛的閒書，其中有一卷是《糖霜譜》，專講精致甜食中一個小類彆的製作工藝，可見他的閒情逸致有多麼豐富細膩，生活狀態是多麼優裕高雅。但當他搜集到那流言時，真是如雷灌頂，心亂如麻，他還沒來得及向皇上彙報，邸報就到了。邸報的內容，竟證實了流言不誣，於是他趕忙寫下奏折，其中說：“臣於本月二十二日得邸報，聞十八皇子薨逝，續又聞異常之變。臣身係家奴，即宜星馳北赴，誠恐動駭耳目，反致不便。二十三日以來，民間稍稍聞之，皆緞布兩行腳力上下之故。將軍、總督嚴禁盜賊。目下江南太平無事。米價已賤。”
這奏折寫得既情真意切，又很技巧——把流言出現的時間列在官方內部通報之後，查明流言的來源是流動於南北的為商行運輸綢緞與布匹的腳力，同時表示已注意在此關鍵時刻“嚴防盜賊”，更以“江南太平”與“米價已賤”安慰聖上。
太子被廢後，皇帝曾對諸子說，要他們安分守己，不再生事。
可是，美好的願望總歸隻是願望，不能成為現實。事實是，太子被廢，諸子都開始蠢蠢欲動起來。
皇長子秦武見太子被廢，心中暗喜，心道等待已久的機會來了，他利令智昏，竟向皇帝奏請殺掉太子，他說：“今欲誅秦仁，不必出自皇父之手。”皇帝聽了，非常驚異，意識到秦武覬覦儲位之心太盛，竟欲殺害太子，若是讓其得逞，後果嚴重，不堪設想。遂，皇帝一再嚴斥秦武，指出其殺弟之念：“不諳君臣大義，不念父子至情，天理國法，皆所不容。”並且明確宣諭：“朕前命皇長子秦武善護朕躬，並無欲立秦武為皇太子之意。秦武秉性躁急、愚頑，豈可立為皇太子？”
這之後，秦武見自己奪儲無望，便想推薦與己關係密切的八弟秦空，他想朝中對秦空的呼聲如日中天，而且自己的娘親也曾撫養過秦空，讓秦空得位，總比讓彆人得了的好。
可惜，這一個愚蠢的舉動，又遭到皇帝大怒。且讓皇帝徹底明白了秦武與秦空結黨亂政、謀儲奪嫡的險惡用心。但是於此，皇帝隻是狠狠地批評了秦武，讓他不可乾政妄言，而沒有點出自己對秦空的不滿。
而此時的八皇子秦空，可說是春風得意。他覺得，太子被廢，自己的希望來了。他一直以精明能乾著稱，在朝中頗有威望。此刻，黨羽眾多、聲勢浩大的八皇子秦空，策劃了兩件大事。一是為自己製造輿論，讓人放出風聲說：“相麵人張明德曾相秦空，後必大貴。”另外一件事，是讓諸臣將自己推舉出來，讓傾向自己的大臣向皇上提出再立一位賢能的太子，之後這些臣子自然都眾口一言地對皇帝說：放眼滿朝，儲君之位，八皇子最是合適不過。
不想，皇帝非但沒有為這個輿論所動，反而派人追查張明德相麵之事，後查出秦空不僅有相麵之事，而且還有謀殺皇太子的企圖。隨即，皇帝痛斥秦空道：“秦空柔奸性成，妄蓄大誌，黨羽相結，謀害秦仁。今其事敗露，即鎖係，交議政處審理。”九皇子將事情告訴了十四皇子，十四皇子立馬介入，想要營救八皇子。皇帝知道後大怒，叫來十四皇子，十四皇子振振有詞，滿是對他八哥的袒護。皇帝憤怒地拔出佩刀，將誅十四皇子。此時，五皇子正好來到，不由上前跪抱勸止，皇帝才憤怒少解，但他還是怒斥十四，打了他二十大板，且令他閉門自省。
此事過後不久，三王爺秦至便向皇帝揭發，說：“皇長子秦武與一個會巫術的人有來往。經查，發現秦武用巫術鎮魘太子，陰謀暗害親兄弟，並有物證。”皇帝大怒，令革秦武王爵，將其終身幽禁。
連日來的種種事端，種種打擊，讓皇帝的身心都感到了疲憊。
本來，自廢皇太子後，皇帝就痛惜不已，寢食不寧。他回想拘禁太子那天，天色忽昏。回京途中，大風環繞駕前。皇帝想，這或許是天象示警，廢太子不詳。
回鑾後，皇帝又分彆夢見了自己的祖母和太子的生母。皇帝記得太皇太後生前十分喜歡太子，說他是個好孩子。在他立了太子後，也一直說是妥貼之舉。皇帝想或許祖母近日入夢，夢中始終不言，但臉上有不悅之色，是因為祖母在提醒自己，自己廢太子之事做錯了。
想起先皇後，夢裡的淒婉哀傷，皇帝憶起從前和她一道的日子，不由更加感傷，深覺自己對不起她。
九月，皇帝去南苑行圍，憶昔皇太子及諸王爺隨行之時，不禁傷懷。終於在十月二十三日病倒。當日回宮，皇帝立即召見太子。見太子身形枯槁，皇帝心中又是一慟，此後，他經常召見太子。數日之後，皇帝憶起過往，就更覺得皇太子當時的行徑是瘋癲，而非謀逆。他將當日的對太子的忿恨，都記在了皇長子頭上。皇帝覺得，這一切都是皇長子的錯，是他利用誣術鎮魘了太子，讓太子大失本性。
十一月十四日，皇帝召滿漢文武大臣齊集喜秋園，令從諸皇子（皇長子除外）中舉奏一位堪任皇太子之人，他說：“眾議誰屬，朕即從之。”
皇帝這麼問，其實是想複立皇太子。
其實令諸臣推舉皇太子之前，皇帝曾私下找到李相，詢問道：“廢皇太子的病，如何醫治，方可痊好？”其實此問，是為了試圖啟發臣下，複立太子。皇帝的意思是說：太子的病，是由廢皇太子而引起，所以“解鈴還須係鈴人”，對症下藥，隻有複立。李相自然明白皇上的心思，立刻答曰：“徐徐調治，天下之福。”
但李相為了少惹是非，並未向任何人透露此事，以致推舉太子時，諸臣並未事先獲得聖意，反而將秦空推舉出來。這次推舉過程是這樣的：集議日，馬齊先至，李玉書後入，皇帝問曰：“眾意誰屬？”有大臣言：“眾人都道八皇子人品貴重，都推舉八皇子為皇太……”話還未完，皇帝便怒道：“皇八子秦空未曾辦理過政事，近又罹罪。其母出身微賤，秦空係賤婦所生，如何堪當皇太子？”之後，皇帝又傳諭李相，提醒道：“前召爾入內，曾有陳奏，今日何無一言？”到此刻，李相按著皇帝的心思表態，諸臣才恍然大悟。
第二日，也就是十一月十五日，皇帝召領侍衛內大臣、都統、護軍統領、大學士、尚書等入宮，親自向他們宣布：“皇太子前因魘魅，以至本性汩沒耳。因召至於左右，加意調治，今已痊矣。”命人將禦筆朱書，當眾宣讀。諭旨內容為：“前執太子時，朕初未嘗謀之於人。因理所應行，遂執而拘係之，舉國皆以朕所行為是。今每念前事，不釋於心，一一細加體察，有相符合者，有全無風影者。況所感心疾，已有漸愈之象，不但諸臣惜之，朕亦惜之。今得漸愈，朕之福也，亦諸臣之福也。朕嘗令人護視，仍時加訓誨，俾不離朕躬。今朕且不遽立太子為皇太子，但令爾諸大臣知之而已。太子斷不抱複仇怨，朕可以力保之也。”
這是一份平反昭雪文書，意向已極明白：將要複立太子為皇太子。皇帝召廢皇太子、諸皇子及諸王、大臣、都統、護軍統領等，進一步澄清事實，說太子“雖曾有暴怒捶撻傷人事，並未致人於死，亦未乾預國政”，“秦武所播揚諸事，其中多屬虛誣”。接著，當眾將太子釋放。太子表示：“皇父諭旨，至聖至明。凡事俱我不善，人始從而陷之殺之。若念人之仇，不改諸惡，天亦不容。”